После февральских событий 1988 года сепаратистско-террористические группировки Нагорно-Карабахской области и вооруженные силы Армении начали военные действия с целью захвата Нагорного Карабаха. К ним присоединились части вооруженных сил СССР, находящиеся в Армении и Нагорно-Карабахской автономной области. Таким образом, после распада СССР вновь повторилась ситуация, похожая на историческую ситуацию, сложившуюся в результате свержения царского правительства в феврале 1917 года. Офицеры, служившие в рядах советской армии, и бывшие советские военные части объединились против азербайджанцев и начали военные действия единым фронтом (как было в марте 1918 года в геноциде против азербайджанского народа). Сначала были захвачены населенные пункты азербайджанцев в Нагорном Карабахе. 15 января 1992 года была захвачена деревня Керкиджахан, 10 февраля - деревни Малыбейли, Гушчулар, началась расправа над мирным и невооруженным населением, сузилось кольцо окружения Ходжалы и Шуши. Операция добровольцев Дашалты оказалась безуспешной. В середине февраля армянские и советские военные группировки захватили селение Гарадаглы. В ночь с 25 на 26 февраля произошло самое страшное событие современной истории. Армянские военные группировки совершили жестокий геноцид против азербайджанцев в Ходжалы. Это самый страшный и массовый, после фашизма во второй мировой войне, геноцид армянских сепартистов-террористов и армянских военных сил против человечества. Защита азербайджанским руководством в войне, направленной против территориальной целостности Азербайджана и его народа, интересов Москвы, а не собственного народа лишила его авторитета. В условиях усиления народного движения в марте 1992 года А.Муталибов, руководивший республикой, подал в отставку.

Создавшаяся пустота во власти еще более ослабила обороноспособность Азербайджанской Республики. В результате в мае 1992 года армянские военные объединения захватили и Шушу. Таким образом, армяне фактически оккупировали территорию всего Нагорного Карабаха. Следующим шагом стала оккупация Лачина - района, соединяющего Армению с Нагорным Карабахом. Воспользовавшись усилением споров вокруг власти в Баку, армяне захватили и Лачин. Борьба за власть, продолжавшаяся и во времена правления Народного Фронта Азербайджана, нанесла тяжелый удар по защите республики. В апреле 1993 года был оккупирован Кельбаджар. В июне в Азербайджане налицо оказался глубокий политический кризис. По требованию народа Г.Алиев пришел к власти. Продолжая войну против Азербайджана, в течение июля-октября 1993 года армяне захватили Агдам, Физули, Джабраил, Губадлы и Зангилан.

Армяне перешли к тактике "разорения" оккупированных земель. На войне погибло 20 тыс., ранено 100 тыс. азербайджанцев, 50 тыс. человек стали инвалидами. Количество беженцев свыше миллиона человек. По официальным данным, армяне взяли в плен 4852 азербайджанца, в том числе 323 женщины, 54 ребенка и 410 пожилых людей. Армянские фашисты скрывали от международных гуманитарных организаций истинное число пленников и заложников, бесчеловечно и беспощадно обращались с ними, унижали их, заставляя трудиться как рабов.

Организация Объединенных Наций (ООН) подтвердила ведение несправедливой войны против Азербайджана, нарушение его территориальной целостности и оккупацию азербайджанских земель со стороны армян. Совет Безопасности ООН принял четыре постановления (№№ 822, 853, 874, 884) об освобождении армянскими вооруженными силами оккупированных азербайджанских территорий. Но армянские оккупанты этих постановлений не выполнили.

В борьбе против армянских захватчиков Азербайджан нуждался в мобилизации военно-экономических и человеческих сил. С этой целью 2 ноября Г.Алиев посредством телевидения и радио обратился к народу, были приняты серьезные военно-организационные меры. В результате удалось создать перелом в справедливой борьбе азербайджанского народа против захватчиков. Нашествие армянских вооруженных сил в середине ноября в направлении Бейлагана было остановлено. В результате успешных операций азербайджанской армии, 5 января 1994 года важный в стратегическом плане поселок Горадиз и 22 деревни в Физулинском районе были освобождены от врагов. Затем была освобождена часть территории Джабраильского района и следующие населенные пункты Кельбаджарского района: Бозлу, Текегайа, Бабашлар, Ганлыкянд, Чепли, Гасымбинеси, Яншагбине, Багырсаг, Гамышлы, Багырлы. Были захвачены гора Чичекли и другие стратегические высоты, часть магистрали Кельбаджар-Лачин до туннеля взята под наблюдение. Во время боев враги потеряли 4 тыс. солдат и офицеров, 50 броненосной техники, 15 артиллерийских сооружений и т.д. Успех азербайджанцев в деле создания на войне перелома, освобождения оккупированных земель, серьезно встревожил не только Армению, но и ее защитников. Усиление Армении ее покровителями в военном отношении, обеспечение ее современным оружием, способствовали возрастанию в регионе реакционных сил. В таких условиях 8 мая 1994 года Азербайджанская Республика подписала Бишкекский протокол. Благодаря военным успехам Азербайджана над врагом, 12 мая было достигнуто прекращение огня на фронте.

Во время захватнических войн против Азербайджана Армения взяла под наблюдение 198 км границы Азербайджана и Ирана, от поселка Горадиз в Физулинском районе до Зангилана и, нарушив границы Азербайджана протяженностью в 360 км, оккупировала 20 % азербайджанских земель. В результате оккупации армян на территории Нагорного Карабаха было захвачено 2 города, 1 поселок, 53 села, где проживало около 50 тыс. азербайджанцев. Вместе с оккупированными за пределами Нагорного Карабаха территориями армяне захватили 890 городов, сел и поселков. Были разрушены народно-хозяйственные объекты, захвачены поля и леса: жилые дома - 150 000, общественные здания - 7000, общеобразовательные школы - 693, объекты здравоохранения - 695, автомобильные дороги - 800 км, мосты - 160, водопровод - 2300км, электрические линии - 15 000км, лесная площадь - 280 000га, посевная площадь - 200 000га, исторические памятники и музеи - 464. По первичным подсчетам, Азербайджанской Республике был нанесен ущерб в 60 миллиардов долларов США. Кроме того, весь запас ртути, обсидиана и перлита, 35-60% строительных и облицовочных материалов, 23,8% лесного фонда,7,8% водных запасов Азербайджана и т.д. находятся на территории оккупированных земель. Здесь имеются также 2 заповедника, 3 заказника и 3 больших водохранилища.